故事发生在人鬼共生的年代，原本属于阴界的魑魅魍魉，潜藏在人类的恐慌中伺机而动，阳界的秩序岌岌可危。幸而世间有着一群懂得观星测位、画符念咒，还可以跨越阴阳两界，甚至支配灵体的异能者，他们正各尽所能，为了维护阴阳两界的平衡赌上性命战斗并被世人尊称为“阴阳师”。

游戏中，剧情副本的战斗能根据情节在战斗时自动生成不同的阵型，如双方对垒的剧情，战斗也是如此；如果剧情是多数对一个，就以多数包围一个的阵型进行——这样的设计对战斗的策略、顺序没有太大的帮助（玩家也可以在准备阶段自行更改出战角色位置），但既不破坏玩家对前面剧情的印象，也保证了后续的承接。