目前已开放主线共六大章。
1、第一章：对策委员会篇。剧情集数为第一章20话、第二章20话、第三章43话。以阿拜多斯高中的对策委员会五人为中心展开。
2、第二章：发条花的帕凡舞曲篇。剧情集数为第一章20话、第二章25话。以千年科学学园的游戏开发部四人为中心展开。
3、第三章：伊甸园条约篇。剧情集数为第一章17话、第二章20话、第三章25话、第四章27话。以三一综合学园的补习授业部四人和阿里乌斯分校的阿里乌斯小队为中心展开。
4、第四章：卡班诺的兔子篇。剧情集数为第一章20话、第二章24话，以SRT特殊学园的RABBIT小队四人为中心展开。
5、第五章：百花缭乱篇。剧情集数为第一章26话。以百鬼夜行联合学园的百花缭乱纷争调停委员会为中心展开。
6、最终章：一切奇迹的出发点篇。剧情集数为第一章15话，第二章21话，第三章16话，第四章12话。以色彩，黑白子，色彩先导者和基沃托斯全体学生为中心展开。后三章分别附带一个特殊副本，剧情推进时要求完成以上对应章节的副本后才可继续推进。
