游戏分为两周目，第一周目是黑子线，第二周目是玩家线，黑子线是游戏的主线剧情，玩家线是游戏的支线剧情。
在黑子线中，许多角色都遭遇了不幸的结局，下面是部分角色在黑子线的命运：
1、茜香：老师重伤后的第二天，茜香下班路上被头盔团袭击，由于没有老师的权限对茜香的行踪进行追踪，茜香彻底失踪，被头盔团用火车运到沙漠深处，被黑服进行实验。
2、星野：为了解决债务问题，星野接受了黑服的条件，辞退学生会副会长职位，签订协议，成为了黑服实验的牺牲品，最后被白子找到时，光环已经破碎。
3、绫音：在战斗中，绫音身受重伤，不得不靠装置维持生命，在看不到希望的情况下，绫音擅自摘掉维生装置了结了自己的生命。
4、野宫：在得知星野死亡后，野宫深受打击，离开阿拜多斯，只身前往沙漠，最后消失在沙漠中，连随身携带的金卡也落在沙漠中。
5、渚、未花：伊甸园条约事件，未花发动政变时所用的炸弹杀死了渚，黑化成了魔女。
6、圣娅：圣娅被多目女在清醒梦中袭击，接触到了“色彩”，最后内在被“色彩”解构，没有能找到逃脱之法，彻底无法苏醒，光环也随之消失。
7、亚津子、梓：梓袭击阿乌里斯小队成功，炸死了亚津子。
8、纱织：纱织被多目女献祭，多目女成功让自身化身为“崇高”。
9、美咲、日奈：美咲割腕自杀再无人阻挡，日奈不堪重伤牺牲。
