《精灵宝可梦Lets Go》隐藏稀有宝可梦是：这些宝可梦在玩家的图鉴上并没有显示，但依旧可以在游戏中遇见。
在游戏里的大部分区域，有很多宝可梦在图鉴上并没有显示分布，但依然可以在这遇到。例如常青森林的妙蛙种子、很多地方的吉利蛋和空中的喷火龙。
正常来说他们出现的概率很低，使用引虫香水能增加这个概率。而另一种增加出现概率的方法就是连锁捕捉。随着连锁次数的上升，隐藏的稀有宝可梦出现概率会大幅度提高,让他们更加常见。甚至说你可以离开当前区域去别的地方，也能提高遇到别的隐藏宝可梦的概率.例如你可以先在常青森林连锁捕捉绿毛虫，然后去19号道路捕捉拉普拉斯。
稀有出现率宝可梦一览
1% 遭遇概率：
1、14/15道路的凯罗斯/飞天螳螂
【注：凯罗斯是皮卡丘版限定；飞天螳螂是伊布版限定】
2、岩山隧道的袋兽
5% 遭遇概率：
1、肯泰罗
2、凯西
3、魔墙人偶
4、迷你龙
5、伊布
6、皮卡丘
《精灵宝可梦Lets Go》中与系列前作非常不同的一点就是暗雷遇敌改成了明雷，但是各个宝可梦的出现概率还是不一样的，有一些稀有宝可梦出现概率特别低，想遇到的话就需要来回多逛逛了。
