指挥舰分为舰队指挥舰和战场指挥舰两种，且均为四族舰船，以下做分类介绍。
一、舰队指挥舰
舰队指挥舰可以同时使用三个作战网络模块，作为团队的加成官，它可以使团队战斗力上一个台阶。但其在大幅提升自身防御的同时，也造成了火力较差的问题。舰队指挥舰比绝大多数战列舰更硬，会战时，是团队的强大辅助，平时也是一块难啃的骨头。
舰队指挥舰的特有属性：作战网络装备CPU需求-99%，可以同时使用三个作战网络模块。
各级别舰船属性加成情况：
1、永灭级（船体：先知级）
战列巡洋舰技能：重型攻击导弹和重型导弹的速度+10%，所有装甲抗性+5%
指挥舰技能：装甲强度值+10%，装甲作战网络模块效率+3%
2、兀鹫级（船体：猛鲑级）
战列巡洋舰技能：中型混合炮台最佳射程+10%，所有护盾抗性+5%
指挥舰技能：中型混合炮台的最佳射程+10%，会战作战网络模块效率+3%
3、曙光女神级（船体：布鲁提克斯级）
战列巡洋舰技能：中型混合炮台伤害+5%，装甲维修器效率+7.5%
指挥舰技能：无人机挂舱容量+5立方米，信息作战网络模块效率+3%
4、月刃级（船体：飓风级）
战列巡洋舰技能：中型射弹炮台射速+5%，护盾回充增量器效率+7.5%
指挥舰技能：中型射弹炮台跟踪速度+7.5%，游击作战网络模块效率+3%
二、战场指挥舰
作为指挥舰，作战网络装备当然必不可少，战场指挥舰只能同时使用一个，但它在保有足够的防御的前提下拥有战列级别的火力，不过问题在于，恩，这玩意儿手比较短，不近身的话~~
战场指挥舰的特有属性：作战网络装备CPU需求-99% 。
各级别舰船属性加成情况：
1、救赎级（船体：先知级）
战列巡洋舰技能：中型能量炮台电容消耗-10%，所有装甲抗性+5%
指挥舰技能：中型能量炮台伤害+5%，发射速度+5%
2、夜鹰级（船体：猛鲑级）
战列巡洋舰技能：攻击型导弹发射器、重型攻击导弹发射器和重型导弹发射器的发射速度+5%，所有护盾抗性+5%
指挥舰技能：重型导弹动能伤害+5%，重型导弹爆炸速度+5%
3、阿施塔特级（船体：布鲁提克斯级）
战列巡洋舰技能：中型混合炮台伤害+5%，装甲维修器效率+7.5%
指挥舰技能：中型混合炮台伤害+5%，中型混合炮台失准范围+10%
4、斯雷普尼级（船体：飓风级）
战列巡洋舰技能：中型射弹炮台射速+5%，护盾回充增量器效率+7.5%
指挥舰技能：中型射弹炮台伤害+5%，中型射弹炮台失准范围+10%
