黑子线是在一周目内发生的故事。
在一周目时间线的基沃托斯中，阿拜多斯遭遇灭顶之灾，对策委员会最终仅剩黑子一人面对永无尽头的债务。
在老师接受抢救100天后，黑子收到了联邦学生会最终决定放弃老师的消息，彻底陷入绝望的黑子丢失了星野曾给他的围巾，此时「无名的祭司」找到了力竭倒下的黑子，使后者受到「色彩」的浸染成为「阿努比斯」并根据色彩的指令消灭老师。但黑子只是破坏了老师的「什亭之匣」，老师为了保护黑子不受色彩的浸染成为了色彩的代行者「普雷纳帕特斯」。
后来白子在阿特拉哈西斯方舟上与黑子以及普雷纳帕特斯展开了激烈的战斗，但之后一度不敌对方。随后黑子因星野的突入心理防线被攻破而失去了战斗力。
在普雷纳帕特斯被众人击败后，老师收到了来自其最后的请求，将仅剩的逃逸机会交给了黑子。
之后得以幸免于难的黑子与白子再次碰面，黑子以「同一个世界不能出现两个白子」为理由拒绝与其交流，但白子将自己的抢银行用的头套作为围巾的替代品交给了黑子。
受到感动的黑子最后与白子道别，在基沃托斯各地流浪。
